Joseph Smith organisa le Collège des douze apôtres qui se réunit pour la première fois à Kirtland, le 21 février 1835. Brigham Young, H. G. Kimball, Orson Hyde, Orson Pratt et Parley P. Pratt furent désignés apôtres. La même année, Smith créa un collège des soixante-dix.
Pendant cette période, Joseph Smith établit aussi des collèges de la Prêtrise d'Aaron et de Melchisédek pour administrer les besoins des membres locaux de l'Église.
En juin 1831, Joseph Smith prétendit avoir reçu de Dieu la révélation que devait être fondée une "nouvelle Jérusalem", à 1 400 km de Kirtland, dans le comté de Jackson, au Missouri, à la limite des terres colonisées. Ils passèrent par Cincinnati, Louisville et Saint-Louis, d'où ils se rendirent à pied à Indépendance (comté de Jackson), qu'ils atteignirent au mois de juillet 1831. L'endroit plut à Smith et il proclama au nom de Dieu que c'était la terre promise réservée aux saints des derniers jours, que c'était là que devrait s'élever la cité de Sion.
Joseph Smith commença à y établir les fondations d'une nouvelle ville, destinée à recevoir 15 à 20.000 habitants. William W. Phelps reçut l'ordre d'établir et de diriger une imprimerie, et des hommes furent nommés à des fonctions dont le but était d'organiser la colonie et de la peupler, de recevoir des offrandes et d'ouvrir des magasins. En août 1831, il choisit et consacra un site pour la construction du temple, puis, revenu en Ohio, il incita des centaines de saints à se rendre au Missouri et à s'y installer.
Ainsi, entre 1831 à 1838, on trouvait les mormons principalement en Ohio et au Missouri. Les dirigeants de l'Église correspondaient par lettres et faisaient souvent le voyage entre les deux régions.
En novembre 1831, les dirigeants de l'Église décidèrent de publier un grand nombre de "révélations" dans une compilation appelée : Le Livre des Commandements. Ce livre fut imprimé à Independence (Missouri), mais, en juillet 1833, des émeutiers détruisirent la presse et la plupart des exemplaires du livre. À cause de ces événements, le Livre des Commandements ne fut jamais mis à la disposition des membres de l'Église, mais, en 1835, on publia à Kirtland sous le titre de Doctrine et Alliances, un nouveau recueil de "révélations" et de déclarations "inspirées", donnant des instructions pour diriger l'Église dans les "derniers jours".
Pendant qu'il vivait dans la région de Kirtland, Joseph Smith poursuivit sa traduction de la Bible, par laquelle il prétendait corriger le texte de la King James - ou "Bible du roi Jacques" (Bible en anglais réalisée sous le règne de Jacques Ier d'Angleterre) - et rétablir ainsi des vérités perdues au fil des siècles. Ce travail ne put être achevé de son vivant, mais il fut l'occasion de publier des textes, à présent inclus dans le Livre de Moïse qui fait partie de la Perle de Grand Prix, un des ouvrages canoniques de l'Église de Jésus-Christ des saints des derniers jours.
Le 3 juillet 1835, à Kirtland (Ohio), un marchand d'antiquités, Michael H. Chandler, exposa des momies égyptiennes et des rouleaux de papyrus. Joseph Smith fit alors l'acquisition de quatre momies et de plusieurs dizaines de fragments de papyrus dont il affirma avoir tiré des papyri écrits par Abraham lui-même plus de 4000 ans auparavant. Smith produisit alors un récit, le Livre d'Abraham qu'il présenta comme la traduction de ces écrits. Par la suite, le Livre d'Abraham fut intégré à la Perle de Grand Prix.
Ces documents égyptiens ont donné lieu à un vif débat, notamment depuis leur redécouverte en 1966 au Metropolitan Museum of Art de New York, par le Dr. Aziz Suryal Atiya, spécialiste du Proche-Orient à l'université d'Utah. Celui-ci raconta ainsi sa découverte : « Pendant que j’étais là, je découvris un classeur avec ces documents. J’en reconnus immédiatement le dessin. Lorsque je le vis, je sus qu’il avait paru dans la Perle de Grand Prix. Je connaissais l’aspect général de l’image. (...) Je vis d’autres morceaux de papyrus empilés ensemble… Un autre document se trouvait avec eux, signé par la femme de Joseph Smith, son fils et quelqu’un d’autre, attestant que ces papyrus appartenaient à Joseph Smith…»[57]
Les momies et les papyrus acquis par Smith provenaient des fouilles réalisées à Thèbes par Giovanni Pietro Antonio Lebolo, dont Michael H. Chandler était le neveu et l'héritier. Pour les égyptologues, les papyrus de Smith proviennent d'un "Livre des Respirations", c'est-à-dire un livre funéraire qui, à partir du 1er siècle avant J.-C, succéda au très ancien Livre des Morts et dont les textes et les scènes qui y figurent et qu'on trouve fréquemment dans les tonbeaux égyptiens, n'auraient, selon eux, aucun lien avec Abraham (que les récits bibliques ne situent jamais hors de la Mésopotamie) ou même avec le peuple hébreu[58].
L'Église de Jésus-Christ des saints des derniers jours soutient la véracité de la "traduction" faite par Smith et ajoute même qu'en dehors de ces papyri, il existerait des dizaines de mentions d’Abraham dans les textes égyptiens…[59] Toutefois, elle affirme aussi que "rien ne permet de croire que les papyrus retrouvés (par le Dr. Atiya) sont ceux qui ont permis la traduction du Livre d'Abraham. Au contraire, tout tend à démontrer que l'original n'a pas encore été retrouvé… »[60]
En décembre 1832, Joseph Smith affirma que Dieu commandait aux saints de construire un temple à Kirtland (Ohio). Eliza R. Snow écrivit : "A l'époque...les saints étaient peu nombreux et la plupart d'entre eux étaient très pauvres et sans l'assurance que Dieu avait parlé et avait commandé que l'on construise une maison en son nom,..., toute tentative de construire ce temple dans la situation du moment aurait été considérée par tous les intéressés comme ridicule"[61].
Le 27 mars 1836, eut lieu la dédicace du temple de Kirtland, qui avait coûté 40,000 dollars. Une semaine plus tard, le 3 avril 1836, Joseph Smith prétendit que Jésus-Christ lui était apparu dans le temple, ainsi qu'à Oliver Cowdery, en déclarant : « J'ai accepté cette maison, et mon nom sera ici ; et je me manifesterai avec miséricorde à mon peuple dans cette maison »[62].
Il ajouta que trois messagers de l’époque de l'Ancien Testament, Moïse, Élias et Élie, apparurent également et rétablirent des clés et l'autorité de la prêtrise qui, selon lui, avaient été perdues depuis longtemps sur la terre[63]. Le temple dû être abandonné en 1838, lors de l'exode des saints vers le Missouri.
Dans les premières années de l'Église, des missionnaires furent appelés à prêcher l'Évangile dans divers endroits des États-Unis et du Canada. Puis, au cours de l'été 1837, il envoya des missionnaires en Angleterre. Il demanda à Heber C. Kimball, membre du Collège des Douze, de diriger un petit groupe de missionnaires dans cette entreprise. Kimball partit et, en l'espace d'un an, environ deux mille personnes s'étaient jointes à l'Église, en Angleterre. Par la suite, Joseph Smith envoya en mission des membres des Douze en Grande-Bretagne. En 1841, plus de six mille personnes s'étaient jointes à l'Église de Jésus-Christ des saints des derniers jours. Ils seront 50 000 dans les années 1850. Beaucoup de ces nouveaux fidèles émigrèrent aux États-Unis.
Dans le comté de Jackson (Missouri), au Camp de Sion, le nombre des fidèles, grossi par celui des nouveaux convertis, n'avait cessé d'augmenter, il représentait alors 1 200 personnes, soit environ un tiers de la population.
L'arrivée de tant de mormons inquiétait les habitants qui craignaient de perdre les élections. Ils se méfiaient aussi des doctrines particulières aux saints des derniers jours, et ils étaient mécontents que les mormons fassent prioritairement du commerce entre eux. L'opposition fit passer une circulaire pour obtenir la signature de ceux qui étaient disposés à éliminer le fléau mormon. 400 émeutiers se réunirent au tribunal d'Indépendence et des exigences écrites furent présentées aux dirigeants de l'Eglise pour le départ des saints du comté de Jackson et pour qu'ils cessent d'imprimer leur journal, The evening and the morning star. Devant le refus des dirigeants de l'Eglise, les émeutiers attaquèrent le bureau du journal qui était également maison du rédacteur en chef, William W.Phelps. La presse et le bâtiment furent démolis. En novembre 1833, les saints des derniers jours fuirent le comté de Jackson. La plupart traversèrent le fleuve Missouri et trouvèrent refuge dans le comté de Clay (Missouri).
En mai et juin 1834, Joseph Smith dirigea une expédition depuis Kirtland au Missouri pour soutenir les saints qui avaient été chassés. Après avoir organisé un pieu dans le comté de Clay avec David Whitmer comme président, il retourna en Ohio.
La ville de Kirtland avait connu, elle aussi, une augmentation significative du nombre d'habitants, s'élevant de 1.000 en 1830 à 3.000 en 1836. Cette croissance démographique fut au moins partiellement responsable d'une augmentation rapide du prix des terres agricoles entre 1832 et 1837. Le prix moyen par acre de terre à Kirtland passa de 7 dollars en 1832 à 44 dollars en 1837. Dès lors, l'inquiétude de la population locale se transforma en une vive hostilité à l'égard des mormons.
En 1836, des membres de l'Eglise avaient créé à Kirtland, sous le nom de Kirtland Safety Society Bank (KSS), une maison de commerce qui faisait des opérations de banque. Mais, au mois de novembre 1837, dans une période de dépression financière aux Etats-Unis, la Kirtland Safety Society Bank fut obligée de suspendre ses paiements et fut déclarée en faillite. La responsabilité en fut imputée à Joseph Smith qui fut poursuivi pour escroquerie et pour opérations bancaires illégales. Convoqué dans dix-sept procès, on lui réclama le remboursement de dettes s'élevant à plus de 30.000 dollars. Warren Parish, membre du Collège des soixante Dix, accusé par Smith d'avoir détourné des fonds, fut excommunié.
Beaucoup de mormons, ruinés, accusèrent Smith d'être responsable de ce scandale financier et quittèrent l'Église. Des dirigeants mormons, dont plusieurs membres du Collège des douze apôtres, tels Lyman E. Johnson, Luke Johnson, John F. Boynton, Martin Harris, Warren Parrish, Oliver Cowdery, David Whitmer, W.W. Phelps et John Whitmer formèrent une faction dissidente. Ils prirent le contrôle du Temple de Kirtland et excommunièrent Joseph Smith et Sidney Rigdon. Warren Parrish, rejoint par Martin Harris, un des témoins du Livre de Mormon, jugeant que Joseph Smith était un prophète déchu, fondèrent une Église dissidente : "l'Église du Christ" (Church of Christ), qui disparut peu après.
Tous les dissidents de Kirtland furent excommuniés pour "apostasie". Dans le décret d'excommunication, Smith parle d'une "bande de faussaires, de voleurs, de menteurs et de mauvais sujets de la plus noire teinte", et voici comment George A. Smith décrit cette première crise à l'intérieur de la jeune Église : "L'esprit d'apostasie devint plus général et le choc qui fut donné à l'Église fut plus grave que jamais auparavant : un de la Première Présidence, plusieurs des douze apôtres, un membre du grand conseil, les présidents des soixante-dix, les témoins du Livre de Mormon et un grand nombre d'autres ayant une position importante furent enveloppés dans cette apostasie..."[64]
Les habitants de la localité et des membres excommuniés organisèrent des persécutions et des émeutes violentes. Les saints cessèrent d'être en sécurité à Kirtland. Le 12 janvier 1838, Joseph Smith et Rigdon dont les vies étaient menacées, s'enfuirent de Kirtland pour Far West (Comté de Davies, Missouri). Au cours de l'année 1838, la plupart des saints furent également forcés de partir.
Les mormons furent autorisés à construire une nouvelle ville, Far West. Joseph Smith y arriva en mars 1838 et y installa le siège de l'Eglise. Mais ils ne connurent pas longtemps la paix dans le nord du Missouri. Le 6 août 1838, une centaine d'émeutiers, lors des élections de Gallatin (Comté de Daviess) interdirent aux saints d'aller voter. En octobre 1838, le gouverneur Boggs rédigea l'"ordre d'extermination des mormons", résultat de l'expression populaire. À l'automne 1838, des émeutiers et la milice les harcelèrent à nouveau et attaquèrent plusieurs d’entre eux (Massacre de Haun's Mill). Quand ils ripostèrent et se défendirent, Joseph Smith et d'autres dirigeants de l'Église furent arrêtés sur des accusations de trahison. En novembre, ils furent emprisonnés à Independence et à Richmond (Missouri) et le 1er décembre, ils furent emmenés en prison à Liberty (Missouri).
Pendant l'emprisonnement de Joseph Smith, des milliers de mormons, y compris sa propre famille, furent chassés du Missouri, pendant l'hiver et le printemps de 1838-1839. Sous la direction de Brigham Young et d'autres dirigeants de l'Église, les mormons partirent vers l'Est, en Illinois.
En avril 1839, Joseph Smith et ses compagnons furent transférés de la prison de Liberty à Gallatin (Missouri). Au cours d'un autre transfert, de Gallatin à Columbia (Missouri), les gardes permirent aux prisonniers de s'enfuir. Ceux-ci se rendirent à Quincy (Illinois), où le plus grand nombre de membres de l'Église s'étaient rassemblés après avoir fui le Missouri. Bientôt, sous la direction de Joseph Smith, la majeure partie des saints commença à s'établir à environ quatre-vingt kilomètres au nord, à Commerce (Illinois), village situé dans un coude du fleuve Mississippi. Joseph Smith rebaptisa la ville du nom de Nauvoo et, dans les années qui suivirent, des membres de l’Église, dont de nouveaux convertis, arrivèrent en grand nombre à Nauvoo en provenance des États-Unis, du Canada et d'Europe et transformèrent cette région en l'une des plus peuplées d'Illinois.
Quand les saints des derniers jours avaient dû quitter Kirtland, ils avaient laissé derrière eux le temple. À Nauvoo, ils entreprirent d'en construire un nouveau. La pose des pierres d'angle eut lieu le 6 avril 1841, lors d'une cérémonie présidée par Joseph Smith. Toutefois, ce dernier mourut sans avoir vu le temple terminé.
Joseph Smith crée alors la cérémonie de la "dotation du temple", et, le 4 mai 1842, à l'étage de son magasin, à Nauvoo, Joseph Smith administra les premières dotations à un petit groupe dont Brigham Young faisait partie.
Comme il est attesté qu'à Nauvoo Joseph Smith fut initié à la franc-maçonnerie[65], certains auteurs ont envisagé une éventuelle relation entre les rites maçonniques et la cérémonie de dotation du temple. Pour sa part, l'Église de Jésus-Christ des saints des derniers jours estime que la cérémonie de la dotation du temple est bien plus proche des Écritures que des rites maçonniques même si elle partage avec eux quelques ressemblances dans les paroles et dans les gestes.[5]
Joseph Smith commença à enseigner la doctrine du baptême pour les morts à partir du 15 août 1840. Le temple étant dans les premières phases de sa construction, les saints des derniers jours accomplirent tout d'abord les baptêmes pour les morts dans les rivières et les ruisseaux des environs[66]. Au cours de l'été et de l'automne 1841, ils construisirent des fonts baptismaux temporaires en bois dans les sous-sols nouvellement creusés du temple. Les baptêmes pour les morts eurent lieu pour la première fois dans ces fonts baptismaux le 21 novembre 1841.
En 1841, les premiers scellements de couples eurent lieu et, en 1843, Joseph Smith dicta le texte décrivant la nature éternelle de l'alliance du mariage[67]. Les enseignements de ce texte étaient connus de Joseph Smith depuis 1831[68].
Il enseigna aussi la doctrine du mariage plural. Lui-même et les dirigeants de l'Église auraient pratiqué le mariage plural (Emma Smith, son épouse, affirma toujours que son mari ne l'avait jamais pratiquée), mais cette pratique ne fut étendue à l'Église que quelques années plus tard, à partir de la Présidence de Brigham Young, premier successeur de Joseph Smith et une part des fidèles, jusqu'à son abandon en 1889, sous la présidence de Wilford Woodruff, troisième successeur de Joseph Smith. A ce propos, le journaliste Hugues Rondeau écrivait en 1995 : "Que ce soit par manque d'inclination, pour cause de ressouces insuffisantes ou en raison de l'opposition de la première épouse, la plupart des mormons ne s'engagèrent pas dans la pratique du "mariage plural"... Certains prirent de nombreuses épouses, tel Brigham Young qui eut des enfants de quinze femmes différentes. Mais la majorité des mormons polygames n'en avait que deux. Le pourcentage de population représenté par ces familles varie selon les endroits et les périodes. On a pu compter parfois jusqu'au tiers des habitants de petites collectivités issus de familles polygames, femmes et enfants compris ; mais une estimation générale plus proche de la réalité devrait se situer entre 10 et 20% de la population à la fin du XIXe siècle."[69]
Joseph Smith III, qui, après la mort de Smith, dirigea une Église mormone dissidente, considérera que les "enseignements tardifs" de son père au sujet de la pluralité des dieux, de l’exaltation, de la polygamie et du baptême pour les morts ont été mal compris, mal transcrits et qu’ils ne sont pas essentiels.
À Nauvoo, Joseph Smith était à la fois maire, commerçant, premier juge, rédacteur en chef du journal local, et commandant de la Légion de Nauvoo, une unité de la milice de l’État d’Illinois. En janvier 1844, Joseph Smith annonça sa candidature à la présidence des États-Unis d'Amérique. Bien que la plupart des observateurs aient reconnu qu'il n'avait que peu de chances d'être élu, sa candidature attira l'attention du grand public sur l'Église de Jésus-Christ des saints des derniers jours.
Bien que les mormons aient tout d'abord joui d'une paix relative à Nauvoo, une vive hostilité s'éleva bientôt dans la population et Joseph Smith comprit dès lors que sa vie était menacée. Lors d'une réunion tenue en mars 1844, il chargea les Douze de gouverner l'Église après sa mort[70].
Au printemps 1844, Thomas Sharp, rédacteur en chef du ‘Warsaw Signal’, un journal hostile aux Mormons, et dirigeant du parti politique antimormon du comté de Hancock, exigea publiquement l'assassinat de Joseph Smith. Il écrivit :
« La guerre et l'extermination sont inévitables! Citoyens, levez-vous, UNIS et ENSEMBLE ! Pouvez-vous supporter et souffrir que de tels DIABLES INFERNAUX ! VOLANT aux hommes leurs propriétés et leurs DROITS, sans les venger. Nous n'avons pas de temps pour les opinions, chaque homme se forgera la sienne. LAISSEZ REGLER CELA AVEC LA POUDRE ET LES BALLES ! (Warsaw Signal, 12 juin 1844, p. 2.) »
Le journal Nauvoo Expositor dénonçait la polygamie pratiquée par Joseph Smith et d'autres dirigeants de l'Église, et il réclamait la révocation de la charte de Nauvoo [71]. Le 10 juin 1844, Joseph Smith, en tant que maire de Nauvoo, et les membres de son conseil municipal ordonnèrent la destruction du Nauvoo Expositor et de la presse sur laquelle il était imprimé[72].
Thomas Ford, gouverneur d'Illinois, écrivit à Joseph Smith, insistant pour que les membres du conseil municipal comparaissent devant un jury non mormon pour répondre à l'accusation de perturber l'ordre public, prédendant que seul un procès de ce genre satisferait le peuple.
